郊外的狗牙山上，高佬、病甩毛（郑则仕 饰）和矮脚虎等五个游手好闲的流氓终日偷鸡摸狗，好不逍遥得意。近来天气晴好，阿华与阿玲（庄静而 饰）兄妹唤上三名青春朋友，一同去狗牙山露营，在露营地，阿玲被矮脚虎一伙撞见，后者遂其歹意，但碍于阿华在场不能得逞。但不该发生的事情还是发生了，阿玲在河边遭矮脚虎等人强暴，阿华操起斧头追凶，却惨遭流氓们算计，惨死山中。虽有当地村长包庇，但这伙流氓仍被警方拘捕，可阿玲受辱后精神错乱，已没有指认罪犯的能力，于是恶徒得以逍遥法外，出面作证的村民也遭到毒打。此时家中的玲父为一双子女的遭遇痛彻心扉，决定要靠自己的双手惩治凶手！
马来西亚爆发神秘传染病，当地药业公司AMANAH研究的特效药MD5成为救助病患的神丹妙药。可是一直跟踪报道该疾病的记者宋丹文意外死亡，跟着AMANAH总裁张日善（郑则仕 饰）的儿子在办公室自杀身亡。经警方调查，张公子纯系他杀。与此同时，张公子的妻子彭珍美（周秀娜 饰）秘密跑到香港，她随身携带的机密引起多方势力的争抢。香港警察王大伟（吴镇宇 饰）与马来西亚皇家警察警长李永勤（张智霖 饰）接头，协助调查这一系列案件。不久后，王大伟收到一段视频，视频录制者自称“泄密者”指控AMANAH是绝命病毒的始作俑者，而张日善的二儿子更落到他们手中。
与死神争分夺秒，李永勤和王大伟展开夺命追查……
李天恩（古天乐 饰）少年时代便喜欢打架，后来成为了江湖老大，他与母亲恩妈（苗可秀 饰）互相斗嘴，是他们一贯的相处方式。
陈美宝（刘若英 饰）与李天恩在警察局一见钟情，即使两人背景相差甚异，两人还是相爱了。可是当美宝告诉天恩自己已怀孕的时候，天恩犹如晴天霹雳，没有父亲的他根本不知道如何当一名父亲。应负的责任，李天恩还是逃不过的。天恩觉得自己的一生就要被妻儿困住时，女儿喜儿的出生让李天恩彻底改变了。
天恩想尽办法对女儿隐瞒自己黑帮的身份，放弃做歪门邪道的生意，为了女儿他放下身段取悦女儿。期间天恩的母亲逝世了，也由于不景气，天恩的生意一落千丈。眼看社团的几位老前辈给予天恩的压力越来越大，天恩还是无奈的接受了。
喜儿还是一天天的长大了，她也知道了父亲黑社会的身份，美宝希望天恩能就此退出江湖，可是社团却想在这时候推荐他做龙头老大，更把他欠债的事做威逼，天恩进退两难。
为了对社团有交待，能从此退出，他决定与毒贩交易，被埋伏的警方发现了。愤怒的毒贩向天恩开了一枪……
每年，村民们都会选一名纯洁的少女，将她献给邪恶贪婪的地藏鬼王（陈龙 饰），凡是落入地藏鬼王手中的女子，无一不面临着香消韵损的悲惨命运。这一次，遭殃的是嫣红，虽然麻衣老祖（午马 饰）得知这一消息立刻前往营救，但最终还是没赶上。麻衣老祖和地藏鬼王之间展开了激烈的较量，最终，两人同归于尽。
一晃眼两百年过去，医师（张国强 饰）于无意之中拾得并且安葬了嫣红的遗骨，一人一鬼就此邂逅，产生了一段缠绵悱恻的人鬼绝恋。与此同时，鬼王之心亦因为沾到了人类血液而死灰复燃，地藏鬼王再度降临世间祸害凡人，麻衣老祖的传人初一（郑则仕 饰）和十五（何家劲 饰）继承了师父的遗志，再度与鬼王展开大战。
清朝末年，曾任黑旗水军教头兼民团总教练的广东佛山武师黄飞鸿（李连杰）常在宝芝林教人练武，期望借此自强救国，可是眼见政府苟且偷生洋人横行霸道，他渐渐领悟到单凭武术不足以使民众从苦海中脱离，开始努力找寻其它救国出路。梅县梁宽（元彪）在戏院结识黄飞鸿的恋人十三姨（关之琳）后与黄飞鸿出生种种误会，终投武夫严振东门下与黄飞鸿成为敌手。
严振东与洋人连手鼓吹美国是金山世界，将包括十三姨在内的大批中国妇女骗掳上洋船，梁宽此时幡然醒悟，明白黄飞鸿是友非敌，在他的帮助下，黄飞鸿开始与洋人及其爪牙展开浴血奋战。