在少林寺传奇3的演员阵容颇为豪华，除了第一部的李渊、谢苗、孙卉凝、潘元甲等老班底，还加入了嵩山少林寺武僧--徐鹏军（法名：释延君）和武打童星曹骏，全国武术冠军许明虎，以及大哥大--洪金宝的加盟！另外，鲍国安将再次与都晓导演合作，出演《少林寺传奇3》。曾在《少林寺传奇1》中，鲍国安饰演剧中的少林寺方丈，深受观众的喜爱，这次鲍国安老师再次扮演少林寺方丈。计春华则将从以往的反面变身正派！

　　大明嘉靖王朝，倭寇猖獗，严嵩父子把持朝政，不事抗倭。将领戚继光虽有报国之志，但面对困难的局面有些力不从心。在倭寇的杀戮中，少年月空失去了母亲，大脚僧搭救了月空，把他带到了少林寺。15年后，月空随方丈出席祭海大典，路遇日本女孩一本秀子和剑客风语，活泼的日本女孩秀子爱上了月空。在少林寺，秀子谎称是月空的妻子，引起轩然大波……

　　佛山赞生堂是一间誉满全城的医馆，主人梁赞（元彪 饰）不仅咏春拳天下第一，医术更是妙手回春，受到当地人民的拥戴。梁赞生有两个儿子，大儿子梁壁（谢霆锋 饰）天生聪颖，而幼子梁春则为人敦厚老实。梁壁一直想练武，偏偏梁赞不赞成他练武，多年来一直不肯把咏春传授给他。梁壁无奈只好自己习武，在外面结交了一帮酒肉朋友，为人好打不平。一次城里的恶少作恶时被梁壁狠狠教训了一顿，随后他找来了流浪高手到赞生堂踢馆，梁赞被逼迎战，虽然最后力挫强敌，但梁赞觉得梁壁整天就只会找麻烦，耍些三脚猫功夫，狠狠的罚了他一顿。梁壁从此更加不服气，发誓要在武学上超过父亲……

　　来到香港讨生活的大陆武术高手阿金（杨紫琼 饰）起初只能去摄影棚做电影替身演员，由于身手不凡又能吃苦，不久她就成为女武师，与武术指导霹雳（洪金宝 饰）成为配合默契的搭档。阿金偶识SAM（黄家诺 饰）后堕入爱河，离开片场随SAM来到深圳，协助他料理卡拉OK厅的生意，慢慢发现自己在SAM心中的位置类似看场子的“保镖”，加上SAM风流成性，阿金在忍无可忍之时带着心伤离开深圳回到香港曾投摄影棚生活，并在霹雳的鼓励帮助下，重建信心很快找回自己。
　　不久霹雳在一次调停武师之间的冲突时被黑帮杀死，他的儿子亚朗也面临被杀害的危险，紧急关头，阿金面无惧色携带亚朗同黑帮展开了一场生死搏斗。

　　镇西总兵刘大雄与夫人绮梅在返家途中被昔日四个仆人拦劫. 刘被害而绮梅被辱. 但四个仆人的背后主使是六亲王的随从, 绮梅反因企图谋杀官差被判终身流放到海中孤岛狼牙岛.
　　在狱中绮梅与千手观音结为好友, 并在岛上产下一女. 千手观音不想让幼女卷入尘世, 将之送入尼姑庵, 主持将她取名为洁莲. 但20年过后, 练下一身武艺的洁莲还是因杀气太重犯下杀戒, 被逐出寺门. 洁莲从乾娘千手观音口中终於得知自己身世, 决心报这一血海深仇…

　　梁赞（元彪 饰）是梁家九代单传的独子，自小热爱习武。为了发展儿子的爱好，梁赞的父亲从江湖上重金聘请了各路名师与梁赞过招。然而，这些老师们早就被梁赞的父亲收买，在比武之时他们假装战败，使得梁赞自认为功夫天下无敌。
　　某日，梁赞遇见了梁二娣，在比试的过程中，梁赞输得一败涂地， 才知道自己的真实水平，遂拜梁二娣为师，习得了短桥泳春，之后又受梁二娣师兄的真传，领悟了长桥泳春。一番勤学苦练之后，梁赞的武功果然大大提高，他返回了佛山，开设医馆施药济贫，某日，王爷的义子倪飞拜访想要同梁赞过招，王爷害怕义子受伤，竟然率先派出了刺客暗杀梁赞。

　　小龙（张文龙 饰）出生于贫困的家庭之中，母亲无力抚养小龙，于是将他送入了戏剧学校拜于占元（洪金宝 饰）为师，学习技艺。在学校中，小龙结识了三毛（钟锦任 饰）、阿彪（黄剑伟 饰）等同门师兄，彼此之间结下了极为深厚的友谊。
　　校规森严，三毛和小龙等人吃尽了苦头，却依旧热爱着这门事业，于占元虽然表面上黑口黑面，却发自内心的呵护和疼爱着他的弟子们。一次偶然中，三毛结识了名为程水仙的粤剧花旦，两人情投意合，走到了一起。随着时间的推移，京剧的热度逐渐退却，观众越来越少，不少同行转战电影行业，混得风生水起。入不敷出的于占元最终决定关闭学校，小龙等人因此失去了唯一庇护他们的家园，师徒依依不舍的别离，迈向各自的人生。